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Standardisation
En raison de la variété des options du noyau à compiler, des logiciels nécessaires ou souhaitables pour le fonctionnement du système, et de caractéristiques propres à des besoins géographiques locaux, de nombreuses distributions différentes ont vu le jour. Par exemple Conectiva, était l'une des plus populaires en Amérique du Sud, et très peu connue en Europe; Mandrake et Conectiva ont fusionné en 2005 créant ainsi la distribution Mandriva.
La multiplicité des distributions et l'existence des différents formats de paquet est parfois perçue comme source de possibles incompatibilités.
Un standard a été créé, nommé Linux Standard Base ou LSB, réunissant les distributeurs respectant ses normes. C'est déjà le cas de plusieurs distributions, comme Mandriva Linux, Red Hat et SuSE.
De nouvelles versions sont régulièrement publiées afin d'incorporer les nouveaux développements. La plupart intègre également des logiciels annexes, tels des suites bureautiques et des jeux vidéo. La complexité de l'offre ou des questions d'incompatibilité provisoire (par exemple Kuickshow a pendant quelque temps manifesté une incompatibilité avec KDE 3.2) font que certains choix du menu pointent parfois dans le vide, même à l'intérieur d'une distribution, argument qui est mis en avant par ceux qui préfèrent les systèmes de Microsoft. Les partisans de GNU/Linux font remarquer que cela est dû au développement plus rapide de GNU/Linux et que celui-ci ne fait que manifester ici le défaut de ses qualités.
Certaines distributions se caractérisent par des options prédéfinies qui leur sont propres. Ainsi Slackware utilise-t-elle le système de fichiers ReiserFS là où la plupart des autres considèrent comme implicite l'usage d'ext3fs.
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